近期，深圳航空与全日空航空在双方已开展的中日国际航线代码共享的基础上，增加了新的国内段代码共享合作航班：深圳航空方面新增了大阪-札幌及大阪-福冈航线，实际运营方为全日空；全日空方面新增了深圳-杭州、深圳-浦东及广州-昆明航线，实际运营方为深圳航空。双方将在以上航线实行代码共享，共享网络平台及销售渠道等资源，为旅客提供便捷的航班服务。
此次代码共享航班已于2013年12月6日正式上线并开放销售，来往于中日间的旅客将可以利用深航或全日空的销售渠道进行更便利的航班查询和购票，享受到更多的航班和时刻选择。深圳航空与全日空同属于星空联盟成员，旅客购买和乘坐此次新增的代码共享航班，同样享受星空联盟范围内的里程累积及贵宾服务。航班详情如下：
1、深航作为运营方的航线航班
序号 航线 深航航班号 全日空航班号
1 杭州-深圳 ZH9860 NH6594
2 杭州-深圳 ZH9964 NH6596
3 深圳-杭州 ZH9963 NH6595
4 深圳-杭州 ZH9867 NH6597
5 浦东-深圳 ZH9892 NH6600
6 深圳-浦东 ZH9819 NH6601
7 广州-昆明 ZH9623 NH6603
8 昆明-广州 ZH9634 NH6602
2、全日空为运营方的航线航班
序号 航线 全日空航班号 深航航班号
1 大阪-福冈 NH1709 ZH3207
2 福冈-大阪 NH1702 ZH3208
3 大阪-札幌 NH1715 ZH3209
4 札幌-大阪 NH1710 ZH3210
5 大阪-札幌 NH1717 ZH3211
6 札幌-大阪 NH1712 ZH3212